Митрополит Іоанникій (Іван Якович Кобзєв) народився 7 лютого 1938 року в селі Новоселівці Беленіхінського району Білгородської області (Росія) в селянській родині.
1955 року закінчив сім класів загальноосвітньої школи.
У 1955-1958 роках працював на будівництві в Білгороді.
Протягом 1958-1960 років навчався в Київській, а після її закриття, у 1960-1962 роках - в Одеській духовній семінарії.
1966 року закінчив Московську духовну академію зі ступенем кандидата богословcьких наук за наукову роботу: «Преподобний Ігнатій Брянчанінов і його православний світогляд».
У період навчання в Московській духовній школі був зарахований до числа братії Московської Троїце-Сергієвої Лаври.
16 листопада 1964 року прийняв чернечий постриг.
24 листопада того ж року висвячений у сан ієродиякона.
З 1966 по 1971 рік ніс послух у Московській Патріархії за Святійших Патріархів Олексія (Симанського) і Пимена (Ізвєкова).
7 квітня 1969 року прийняв сан ієромонаха і через два роки, у 1971, був возведений у сан ігумена.
1971 року став викладачем Одеської духовної семінарії.
1983 року возведений у сан архімандрита.
1986 - призначений настоятелем Покровського собору міста Ізмаїла і благочинним Ізмаїльського округу.
13 грудня 1988 року відбулася хіротонія архімандрита Іоанникія в єпископа Слов'янського, вікарія Одесько-Херсонської єпархії.
З 19 лютого 1990 року - єпископ Донецький і Луганський.
З 1991 року - єпископ Луганський і Старобільський.
1993 року возведений у сан архієпископа, а у 2001 році - у сан митрополита.
З 31 березня 2007 року у зв'язку з розділенням Луганської єпархії на дві самостійні (Журнал № 57 засідання Священного Синоду Української Православної Церкви) носить титул «Луганський і Алчевський».
У зв'язку зі збільшенням кількості єпархій включений до числа постійних членів Священного Синоду Української Православної Церкви (Журнал № 47).
20 липня 2012 року, згідно з рішенням Священного Синоду УПЦ (Журнал №65) митрополита Іоанникія було почислено на спокій.
17 жовтня 2020 року, на 82-му році життя, після тривалої хвороби, митрополит Іоанникій відійшов до Господа.
